基于二者化学结构上的不同，它们在性能上也存在明显差异。甲基硅油具有良好的耐热性，一般可在 - 50℃~200℃的温度范围内长期使用 ，同时拥有不错的电绝缘性、耐候性、疏水性、生理惰性以及较小的表面张力，且它的黏温系数低，在不同温度下粘度变化较小，抗压缩性也较高。这些综合性能使得甲基硅油在众多领域都能发挥作用。
       而甲基氟硅油，凭借氟原子的特性，展现出更为卓越的性能。它的耐热性能更加优异，能在超过 300℃的高温下长期稳定使用，这一特性使它能够胜任一些极端高温环境下的工作。在电绝缘性方面，甲基氟硅油在高压电子设备中表现出色，其绝缘性能优于甲基硅油，能为电子设备提供更可靠的绝缘保护。疏水性上，甲基氟硅油堪称超强疏水，氟原子的存在极大地增强了其排斥水分子的能力。在化学稳定性上，甲基氟硅油也更胜一筹，很难与其他物质发生化学反应，能在复杂的化学环境中保持自身性质稳定。不过，由于氟原料及合成工艺复杂，甲基氟硅油的成本相对较高，相比之下，甲基硅油因大规模生产，成本较低。